Rajčata byla jako potravina přijata teprve v nedávné době. Centrum původního výskytu bylo v horských oblastech And (Peru, Ekvádor, Chile). K domestikaci došlo v Mexiku a také v mnoha zemích používaný název tomato pochází z jednoho z jazyků mexických indiánů. Z Mexika se rozšířila po celém světě. Před 450 lety byla rajčata importována do Evropy, ale dlouho nebyla konzumována, protože byla považována za jedovatá.
Rod Lycopersicum je relativně malý rod z čeledi Solanaceae. Obvykle je používán název Lycopersicum esculentum, ale používány jsou i názvy Solanum lycopersicon a Lycopersicum lycopersicum. Plody řady dalších druhů rodu Lycopersicum (L. pimpinellifolium, hirsutum, chilense, lycopersicoides, peruvianum, pennellii atd.) nejsou ke konzumaci, ale tvoří genovou rezervu pro zlepšování současných odrůd (rezistence ke škůdcům a chorobám)